Как я понимаю: раньше, когда не было гидроизоляции в современном виде, клали более устойчивую к гниению доску из лиственницы между бревном и фундаментом, чтобы защитить бревно от влаги и, соответственно, от гниения и разрушения. Т.е. доска отчасти выполняла роль гидроизоляции. Или первый венец или 2 делали из лиственницы. Сейчас: есть строители, которые кладут и гидроизоляцию и доску из лиственницы и утверждают, что именно так и надо делать. Возможно, защищаются от воды, которая по гидроизоляции, торчащей из-под доски (бруса, бревна) может подтекать и контактировать с деревом.
Вариант с глиной вообще не понятен. Как я понимаю, цель зазора - защитить бревно от сырости т.к. грибы и прочая гадость развивается при повышенной влажности и тепле. Хотя если пол теплый (трубы отопления в стяжке), между бетоном и пирогом пола гидроизоляция, то непонятно, если ли вообще условия для возникновения этой сырости и нужна ли защита в виде зазора.